Η περιοχή του Δήμου Πυθαγορείου επειδή περιλαμβάνει τις πλέον πεδινές και εύφορες περιοχές του νησιού με το ηπιότερο κλίμα και υπήνεμα λιμάνια λόγω του νότιου προσανατολισμού τους ήταν σε όλη την μακραίωνα ιστορία της Σάμου το μέρος όπου άνθησε περισσότερο ο πολιτισμός και φιλοξενούσε την πρωτεύουσα του νησιού μέχρι τα μέσα του 19ου αιώνα.

Πολλοί πολιτισμοί κατοίκησαν στην περιοχή του Πυθαγορείου, από την 3η χιλιετία Π.Χ. Οι αρχαιολογικοί χώροι του Πυθαγορείου, το αρχαίο λιμάνι, τα τείχη, τα Ελληνικά και Ρωμαϊκά μνημεία, το εντυπωσιακό όρυγμα - υδραγωγείο και το Ηραίον ο σημαντικότερος Ναός της Ήρας στην αρχαιότητα, εντυπωσιάζουν κάθε επισκέπτη και ερευνητή.